Gusinje se nalazi u neposrednoj blizini granice sa Albanijom, na ušću Vruje u reku Grnčar. Nalazi se u jugozapadnom delu Plavsko-Gusinjskog basena na oko 900 metara nadmorske visine, ispod strmih padina Prokletija sa juga i Visitora sa severa, na mjestu gdje se ukrštaju putevi iz tri ledničke doline. Nema bitan saobraćajno geografski položaj tako da je područje izrazite migracije stanovništva. Okruženo je visokim planinama i ima oštru klimu. Kroz manje pristupačnu ali prelijepu dolinu Rapojana nekada je vodio važan karavanski put do Albanije. U njoj se nalazi kraško selo Oko Skakavice i 20 m visok vodopad Grlja na ulazu u kanjon. Inače su ti krajevi u podnožju Prokletija, kojima pripada i Gusinje, poznati po bogatstvu voda i izvora. Na svega 1,5 km od naselja, na nadmorskoj visini od 925 m, nalaze se Alipašini izvori, koji su vijekovima predstavljali nezaobilazan dio ovdašnjeg života. To je najveće stalno kraško vrelo u Crnoj Gori. Izvire na površini od preko 300 kvadratnih metara dajući tokom većeg dijela godine oko četiri kubna metra vode u sekundi.
